İstanbul Atatürk Fen Lisesi'nin en büyük avantajlarında biri de bahçesidir. Okulumuz öğrencilerimiz her türlü sosyal ve sportif faaliyetlerini gerçekleştirebilecekleri, birbirinden çeşitli ağaçlarla dolu, yaklaşık 45.000 m2'lik bir bahçe içerisindedir. Burada yer alan basketbol sahaları, voleybol sahası, futbol sahası ve tenis kortu öğrencilerimizin zamanlarını hem spor yapıp, hem de arkadaşlarıyla geçirebilecekleri ortamlardır. Bahçenin bakımı Kadıköy Belediye'si tarafından gönderilen ekipler tarafında yapılmaktadır. Bunun yanında Çevre ve Bahçecilik Kulübü öğrencileri yaptıkları Ağaç Dikim Şenlikleri gibi çalışmalarla bahçenin güzelliğini korumasını sağlamaya çalışmaktadırlar. Her yıl düzenlenen okul içi spor turnuvalarına sahipliği yapan bahçenin her köşesi ayrı bir eğlencedir.